Exemple de note de synthese corrigée

Gibson et coll. La séquence EGFP (à l`aide de 20 oligonucléotides) a été Assemblée efficacement à l`aide de deux assemblages intermédiaires de 10 oligonucléotides, soumis à un traitement par l`endonucléotide de l`arpenteur, et les oligonucléotides 6 et 12 ont été «dopés» (concentration de 6 nM) pour l`OE-PCR synthèse des séquences EGFP/EBFP (Fig. Par conséquent, chaque copie du gène synthétisé encode souvent des mutations placées aléatoirement ou (plus communément) des insertions ou des suppressions de base, avec un plus grand nombre incorporé comme la longueur de l`acide nucléique synthétisée augmente. Comme prévu, le problème des erreurs de séquence devient plus significatif que les séquences de gènes s`allonger, et en outre le protocole est à la fois fastidieux et fastidieux. Ces méthodes sont donc complétées par des approches de mutagenèse aléatoire, comme la PCR et l`ADN qui sont sujettes aux erreurs, où les régions d`intérêt ne sont pas identifiées. Des colonies sélectionnées de cette plaque ont été induites dans la culture liquide et l`expression de l`EGFP (trois tubes à gauche) et de l`EBFP (trois tubes de droite) a été observée sous la lumière UV. Pour les essais d`activité de la MAO-N, les colonies bactériennes induites ont été analysées pour l`activité oxydase par la production de peroxyde d`hydrogène par le dosage colorimétrique décrit par Alexeeva et coll. jour, Douglas B. en utilisant l`arpenteur, nous avons continué la digestion pendant 2 h avant la terminaison de la réaction, contrairement aux méthodes existantes qui ne peuvent tolérer qu`une incubation de 20 à 60 min avant la fin de la digestion (Saaem et al. Reetz et Carballeira, 2007; Steffens et Williams, 2007; Turner, 2009; Mundhada et coll. La variante D5 de la MAO-N (1518 BP) a été synthétisée à l`aide de quatre fragments intermédiaires (étiquetés 1 – 4) en utilisant la même méthode.

Pour la synthèse de variantes à l`aide de la «spiking», 6 nM de l`oligonucléotide contenant les séquences variant est ajouté à la PCR. L`EGFP pleine longueur a ensuite été assemblé efficacement à partir des produits Digest par OE-PCR. Le workflow de synthèse génique intégré et l`analyse fonctionnelle directe chez E. Yang et coll. Ici, nous fournissons le premier exemple d`une méthode de synthèse génique intégrée qui est entièrement complétée par un outil de conception en silico, GeneGenie (Swainston et coll. Dans ce protocole (antérieur), les gènes nécessitant un “12 oligonucléotides” sont assemblés à l`aide d`un second PCR, qui utilise les produits PCR de la première réaction comme gabarit. Toutes les séquences utilisées sont indiquées dans le matériel supplémentaire; les oligonucléotides typiques utilisés ici étaient 55 – 60 bases de longueur.



SSCP   CAS-002   9L0-066   350-050   642-999   220-801   74-678   642-732   400-051   ICGB   c2010-652   70-413   101-400   220-902   350-080   210-260   70-246   1Z0-144   3002   AWS-SYSOPS   70-347   PEGACPBA71V1   220-901   70-534   LX0-104   070-461   HP0-S42   1Z0-061   000-105   70-486   70-177   N10-006   500-260   640-692   70-980   CISM   VCP550   70-532   200-101   000-080   PR000041   2V0-621   70-411   352-001   70-480   70-461   ICBB   000-089   70-410   350-029   1Z0-060   2V0-620   210-065   70-463   70-483   CRISC   MB6-703   1z0-808   220-802   ITILFND   1Z0-804   LX0-103   MB2-704   210-060   101   200-310   640-911   200-120   EX300   300-209   1Z0-803   350-001   400-201   9L0-012   70-488   JN0-102   640-916   70-270   100-101   MB5-705   JK0-022   350-060   300-320   1z0-434   350-018   400-101   350-030   000-106   ADM-201   300-135   300-208   EX200   PMP   NSE4   1Z0-051   c2010-657   C_TFIN52_66   300-115   70-417   9A0-385   70-243   300-075   70-487   NS0-157   MB2-707   70-533   CAP   OG0-093   M70-101   300-070   102-400   JN0-360   SY0-401   000-017   300-206   CCA-500   70-412   2V0-621D   70-178   810-403   70-462   OG0-091   1V0-601   200-355   000-104   700-501   70-346   CISSP   300-101   1Y0-201   200-125  , 200-125  , 100-105  , 100-105  , 102-400   1Z0-051   1Z0-144   70-488   000-089   210-065   CRISC   210-060   70-270   070-461   000-106   9A0-385   70-347   2V0-621D   2V0-621D   HP0-S42   ICBB   350-001  , 350-080   70-462   CISM   000-080   OG0-093   100-101   1Z0-060   ITILFND   70-487   500-260   70-177   CAS-002   CCA-500   2V0-621   400-101   MB6-703   70-487   70-486   1Z0-144   300-115   000-106   9L0-066   500-260   ITILFND   PR000041   70-346   101-400   300-208   000-089   210-260   ICGB   N10-006   9A0-385   642-999   SSCP   300-101   JN0-102   70-177   1Z0-060   640-916   JK0-022   640-911   ITILFND   200-125  ,